ジャーナルにはそれぞれ独自のポリシーがあり、独自の収入モデルによって運営されています。そのため、料金体系もまたジャーナルによってそれぞれ異なります。例えば、ほとんどの投稿ベースのジャーナルはカラーの図表やグラフィックの印刷料金を著者に負担させますが、論文の原稿そのものの印刷代は請求しません。一方で、多くのオープンアクセスジャーナルでは著者に出版費用を請求し、その費用によってジャーナルの運営費をまかなっています。

このように費用の形態はジャーナルによって異なること、それに著者自身が支払いをしなければならないことから、ジャーナルへの投稿費用はジャーナル投稿代行サービスには含まれません。